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현대 산업 문명은 자연 과학의 발달과 더불어 발전해 왔다. 자연 과학은 기초 과학의 학문적 발전을 통해 인류문화와 삶의 질 향상에 응용과학과 함께 큰 공헌을 하고 있다. 20세기에 들어서 급속한 발전을 이룬 자연 과학은 21세기 정보화 시대에서도 각 연구 분야 뿐 만 아니라 인접된 분야간의 공동 연구를 통한 더욱 더 혁신적이고 괄목할 만한 성장이 진행되고 있다. 본 연구소는 동국대학교 중장기 발전계획에 의거 자연과학 분야의 유관 연구소인 기존의 자연과학연구소 ('79년 설립), 생명과학연구소 ('92년 설립), 농림과학연구소 ('65년 설립)을 통합하여 1996년 3월 본 자연과학연구원이 설립되었으며 기초과학, 생명과학, 자원과학을 연구하는 연구원을 주축으로 구성되어 있다.
본 연구원은 영역간의 체계적인 연구 협조체계를 구축함으로써 창의적이고 효율적인 학술/연구 활동의 구심적 역할을 수행하여 기초과학은 물론 응용과학의 발전을 통해 동국대학교의 건학 이념을 실현하고 국가 발전과 학문 발전에 기여함을 목적으로 한다.
이를 위해 각 연구분야 학술/연구 활동의 지원 확대와 연구 중심체제의 구축을 위하여 연구인력의 체계적인 교육을 실시하여 연구원 개개인의 연구 수행 능력을 향상시키며 교육 후 연구 및 산업현장에서 바로 활용 가능한 우수한 인력의 양성을 중요한 목표로 하고 있다. 또한 효율적인 학술/ 연구활동의 구심점 역할 수행을 위하여 각 학문분야에 분산된 고가 공용기기를 공용기기실(MBE실, NMR실, 전자현미경실, 공용전산실 등)로 본연구원에 편재하여 자연과학 및 관련 응용분야의 114명의 연구위원들의 활발한 연구활동을 지원하고 있다.